Ilmuwan Indonesia Berhasil Telusuri Asal Virus Corona, Ternyata dari..

VIVA – Lembaga Biologi Molekuler Eijkman berhasil menelusuri perjalanan dari tiga sampel Virus Corona atau COVID-19 yang menyerang Indonesia.

Dan dari hasil penelusuran itu terungkap bahwa tiga sampel Virus Corona semuanya berasal dari China.

Dalam keterangan resminya melalui akun Facebook yang dikutip VIVA.co.id, Selasa 5 Mei 2020, Lembaga Biologi Molekuler Eijkman menceritakan secara detail kisah penelusuran para ahli mereka untuk menemukan asal muasal Virus Corona di Indonesia.

"Jadi 3 sampel virus di Indonesia berasal dari mana?" tuis Lembaga Biologi Molekuler Eijkman mengawali kisahnya.

“Lembaga Biologi Molekuler Eijkman  telah men-submit 3 sekuens full genome dari virus SARS-COV-2 pada pasien Indonesia, dengan ID: EIJK2444; EIJK0141; dan EIJK0317, ke portal GISAID. Data sekarang sudah available dan bisa diakses siapa saja, asal sudah mendaftar di GISAID ya.

Lantas, mudah saja untuk diketahui 3 sampel tersebut berasal dari mana transmisinya, jika sekuens Indonesia sudah di tangan, dan belasan ribu sekuens pembanding lainnya juga tersedia. Tapi karena saya malas men-download semuanya itu, jadi saya memfilter analisis global dari Institusi/Organisasi lain untuk melihat asal-muasal sampel Indonesia.

Organisasi tersebut bernama Nextstrain yang sudah sangat baik mengkurasi data dari GISAID, menganalisis, dan memvisualisasikannya. Kudos to Nexstrain!

Jadi, dari 3 sampel tersebut, secara evolusi, semua transmisinya berasal dari China, sama kayak manusia modern, berasal dari Afrika tapi, bukan dari China.

Kemudian virus dari China bermigrasi, dan berevolusi sepanjang migrasinya, sepanjang lompatan dari satu host ke host lainnya. Sama kayak manusia. Terus berevolusi. Tapi bedanya, virus berevolusi jauh lebih cepat dibanding manusia.

Menariknya ada 2 grup (clade) besar, "grup" Asia dan Eropa,  yang berevolusi secara paralel di kedua grup tersebut. Grup tersebut ditandai oleh diferensiasi mutasi asam amino pada protein ORF1B (open reading frame) pada posisi asam amino 314, juga pada protein S (spike) pada posisi asam amino 614.

Ketiga sampel Indonesia berada di "grup" Asia. Ini menarik, protein S terdiferensiasi secara regional. Pasti ada fungsi yang berpengaruh. Tapi saya lihat gen ACE2 di dunia kok enggak berbeda ya. Ini untuk diteliti lebih jauh oleh virolog Indonesia. Anyway, namun sekali lagi, semua berasal dari China ya.

Nah. Dari 3 sampel virus tersebut, mengalami kisah perjalanan yang berbeda:

Untuk sampel EIJK2444, virus berasal dari Jepang. Awalnya berjalan dari China, menuju Australia, dan Jepang. Dan akhirnya di Indonesia. Pada akhirnya, virus ID EIJK2444 memiliki mutasi asam amino pada protein S posisi 76, dari Threonine menjadi Isoleucine.

Untuk sampel EIJK0317, virus berasal dari United Arab Emirates. Awalnya berjalan dari China, menuju UK, kemudian US, United Arab Emirates, dan berakhir di Indonesia. Pada akhirnya, virus ID EIJK0317 memiliki mutasi asam amino pada protein ORF1a posisi 461 dari Isoleucine menjadi Valine.

Untuk sampel EIJK0141, virus berasal dari US. Awalnya berjalan dari China, menuju UK, kemudian US, dan berakhir di Indonesia. Pada akhirnya virus ID EIJK0141 memiliki mutasi asam amino pada protein ORF1a posisi 2103 dari Serine menjadi Phenilalanine.
Begitulah kisahnya.

Menariknya, ketiga virus di Indonesia tersebut tidak (atau belum?) menjadi source bagi mutasi virus lainnya di negara lain. Setelahnya hanya terjadi pada transmisi lokal. Akan dilihat pada sekuens-sekuens baru dari sampel Indonesia.

Selain itu, semua mutasi kunci virus di Indonesia ini bersifat non-synonymous. Perlu dipelajari bagaimana mutasi ini berakibat pada struktur protein virus tersebut dan fungsinya. Apakah mengubah fungsi atau tidak. Dan ini serem siy. Mutasi fungsi jika lajunya cepat, bisa susah ditangani. Tapi, para virolog di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman bisa menganalisisnya,”.

Kisah perjalanan Virus Corona dari China menuju Indonesia ini disebutkan dirangkum oleh Pradiptajati Kusuma salah satu peneliti postdoctoral LBM Eijkman di bidang evolusi dan genetika populasi, yang telah dengan baik merangkum cerita perjalanan virus SARS-CoV-2 dari analisis yang dilakukan di Nextstrain. Penjelasan yang diberikan, menunjukan salah satu manfaat kita telah melakukan perunutan genom dari tiga isolat tersebut.